Karmelitánsky škapuliar vznikol v stredoveku ako súčasť odevu členov karmelitánskeho rádu. Pôvodne išlo o praktickú súčasť rehoľného habitu – široký kus látky (tzv. škapuliar), ktorý sa nosil cez ramená a chránil habit pri manuálnej práci. Až neskôr sa z neho vyvinul menší „laický“ škapuliar, ktorý si mohli nosiť aj veriaci mimo kláštora.
Kľúčovým momentom jeho rozšírenia bol 13. storočie, keď sa karmelitáni presunuli z oblasti Blízkeho východu do Európy. V nových podmienkach začali viac zdôrazňovať mariánsku spiritualitu a vznikali laické bratstvá (tzv. karmelitánske bratstvá), ktoré umožňovali laikom duchovne sa pripájať k rádu. Práve pre nich sa začal používať zmenšený škapuliar ako znak príslušnosti a duchovného spojenia.
Dôležitú úlohu v tradícii zohráva aj legenda z 13. storočia o zjavení Panny Márie karmelitánovi Šimonovi Stockovi, kde mal dostať prísľub ochrany pre tých, ktorí škapuliar nosia. Historici však upozorňujú, že priamy historický dôkaz tohto zjavenia neexistuje a jeho prvé písomné zmienky sa objavujú až o niekoľko desaťročí neskôr.
V priebehu 14.–16. storočia sa škapuliar rozšíril po celej Európe najmä ako súčasť ľudovej zbožnosti. Pápeži postupne potvrdzovali jeho používanie a vznikla aj forma „zasvätenia škapuliarom“, ktorá spájala laikov s duchovnými výhodami karmelitánskej spirituality.
Historicky teda škapuliar nevznikol ako „magický predmet“, ale ako praktická súčasť rehoľného odevu, ktorá sa postupne premenila na symbol duchovného spojenia laikov s karmelitánskym rádom.